Bên cạnh các mặt đã đạt được, Phó Thủ tướng cũng chỉ ra những tồn tại, hạn chế mà ngành thanh tra cần phải lưu ý khắc phục như: việc triển khai kế hoạch thanh tra; kết luận thanh tra còn chậm; số vụ việc chuyển cơ quan điều tra còn ít; xử lý sau thanh tra còn hạn chế. Tình hình khiếu nại, tố cáo vẫn còn tiềm ẩn nhiều phức tạp. Hiệu quả công tác tiếp dân chưa cao; giải quyết khiếu nại, tố cáo còn chậm. Việc thực hiện một số biện pháp phòng ngừa tham nhũng hiệu quả chưa cao; kết quả phát hiện tham nhũng qua công tác thanh tra còn hạn chế…

Đồng chí Trương Hòa Bình giao nhiệm vụ cho TTCP thực hiện tốt 3 nội dung: thanh tra sắp tới phải có trọng tâm, trọng điểm; thực hiện có hiệu quả công tác tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo, trọng tâm là góp phần ổn định tình hình an ninh trật tự, an toàn xã hội; thực hiện các giải pháp phòng ngừa tham nhũng theo hướng đi vào thực chất. 

Trước đó, Tổng TTCP Lê Minh Khái báo cáo cho biết, 6 tháng đầu năm, ngành thanh tra cùng các ngành, các cấp đã hoàn thành khối lượng công việc rất lớn, hoạt động của ngành thanh tra đã có những bước chuyển biến tích cực và đạt được những thành tích nhất định. Qua 6 tháng thực hiện nhiệm vụ, TTCP phát hiện vi phạm 50.339 tỷ đồng (trong đó riêng trong lĩnh vực ngân hàng, số tiền phát hiện vi phạm hơn 19.140 tỷ đồng). TTCP cũng kiến nghị thu hồi về ngân sách nhà nước 34.500 tỷ đồng và 142ha đất; kiến nghị xử lý kỷ luật hành chính đối với 692 tập thể và nhiều cá nhân; chuyển cơ quan điều tra tiếp tục xem xét, xử lý 44 vụ, 73 đối tượng.

Từ nay tới cuối năm, TTCP triển khai các cuộc thanh tra chuyên đề diện rộng về mua sắm thuốc chữa bệnh, trang thiết bị y tế và sử dụng quỹ bảo hiểm y tế, đồng thời tập trung ban hành kết luận các cuộc thanh tra đã kết thúc. Cùng với đó, TTCP sẽ tập trung thanh tra các lĩnh vực nhạy cảm, có nhiều dư luận về tham nhũng.