Phiên họp cũng chỉ ra các vấn đề môi trường nổi cộm tại các tỉnh thành phố trên LVHT sông Đồng Nai khiến nguồn nước bị ô nhiễm như: hoạt động khai thác, nạo vét cát trên sông chưa được quản lý chặt chẽ, ô nhiễm tại khu vực kênh Ba Bò, Suối Nhum, suối Cái (TPHCM); ô nhiễm do hiện tượng cá chết trên sông La Ngà, ô nhiễm nùi trong quá trình vận hành hệ thống xử lý nước thải của Công ty TNHH AB Mauri Việt Nam (Đồng Nai); ô nhiễm mùi xảy ra tại các nhà máy giấy, cao su (Bình Dương); doanh nghiệp xả thải vượt chuẩn cho phép, chất thải rắn chưa được phân loại và thu gom xử lý triệt để (Bình Phước); ô nhiễm từ các khu xử lý chất thải tập trung và từ các nhà máy luyện thép (Bà Rịa - Vũng Tàu); việc xử lý chất thải rắn sinh hoạt tại các bãi chôn lấp chưa đảm bảo vệ hợp vệ sinh, ô nhiễm chăn nuôi, rác thải nhựa gia tăng (Đắk Nông); ô nhiễm từ hoạt động chế biến hải sản, Trung tâm Điện lực Vĩnh Tân, hoạt động chăn nuôi heo (Bình Thuận).
Ông Võ Tuấn Nhân - Thứ trưởng Bộ TN-MT cho biết, ô nhiễm nội thành nội thị còn phức tạp, sự phối hợp giữa các địa phương LVHT sông Đồng Nai chưa đồng bộ và chưa hiệu quả. Hiện tượng vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường ở các cơ sở xử lý nước thải còn nhiều.
Việc bảo vệ môi trường trong thời gian tới đây là vô cùng quan trọng do nguy cơ ô nhiễm còn đấy và với sức phát triển kinh tế mạnh mẽ thì sức ép hệ thống sông này càng lớn. Vì vậy, cần hoàn thiện cơ chế chính sách cần cụ thể, rõ ràng và Bộ TN-MT sẽ phối hợp các bộ và địa phương để xây dựng luật bảo vệ môi trường với vững chắc hơn.
Cũng tại phiên họp đã diễn ra buổi lễ chuyển giao chức vụ Chủ tịch Ủy ban Bảo vệ môi trường LVHT sông Đồng Nai từ Chủ tịch UBND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu cho Chủ tịch UBND tỉnh Long An.