Trung tâm này được tổ chức lại dựa trên cơ sở, nhân sự, phòng ban của Trung tâm Quản lý và điều hành vận tải hành khách công cộng TP.HCM, với nhiệm vụ quản lý, tham mưu cho Sở GTVT TP về tất cả các lĩnh vực giao thông công cộng, như xe buýt, tàu điện, tàu thủy, metro...
Nhiệm vụ của Trung tâm là xây dựng các kế hoạch, đề án, đề tài phát triển vận tải hành khách công cộng hàng năm, kế hoạch 5 năm và dài hạn trên địa bàn TP cũng như hoạt động vận tải hành khách công cộng đến các tỉnh liền kề.
Trong đó bao gồm chiến lược quy hoạch, chương trình phát triển tích hợp (phát triển, điều chỉnh mạng lưới, kết cấu hạ tầng và ứng dụng công nghệ tiên tiến), tiêu chí kỹ thuật, đơn giá, định mức, quy chế, cơ chế quản lý, chính sách phát triển.
