Cụ thể nhiều công trình thủy lợi do xã, huyện làm chủ đầu tư, nhưng việc khảo sát, thiết kế, giám sát thi công chưa được quan tâm. Qua kiểm tra, giám sát cho thấy có đến 40% công trình khảo sát, thiết kế thi công chưa hợp lý như: mặt đập thấp hơn kênh mương, kênh mương thấp hơn mặt ruộng; kích thước kênh mương xây dựng bất hợp lý, lưu thông kém.
Các công trình xây dựng hiệu quả kém như đập mương bản Chanh ở xã Sơn Thủy, huyện Quan Sơn trị giá 3 tỷ đồng, hoàn thành chưa kịp bàn giao đã bị đất, đá vùi lấp; đập mương Mòn - Phụn, đập Phai Lầu, đập mương La Cần ở Quan Sơn; đập mương Na Dẹ ở xã Lâm Phú (Lang Chánh) thiết kế mặt đập thấp hơn kênh mương; đập Nà Kham ở xã Phú Lệ (Quan Hóa) thiết kế kênh mương đầu nguồn thấp, hẹp, nước lưu thông kém, không đưa về được cuối nguồn, nên kênh dẫn không có nước để tưới cho đất nông nghiệp.
Nhiều công trình thủy lợi đầu tư chưa đúng mục đích, dàn trải, không hiệu quả như công trình đập suối Lét ở xã Tam Chung (Mường Lát), vốn đầu tư 1,7 tỷ đồng, diện tích tưới thiết kế là 15ha, nhưng thực tế chỉ tưới 0,25 ha, hiện đang bỏ hoang; đập mương Bù Đàn ở xã Tân Phúc (Lang Chánh), nguồn vốn đầu tư 6 tỷ đồng để khai hoang 40ha diện tích lúa nước, nhưng thực tế chỉ tưới được khoảng 2ha/
Các công trình lãng phí khác như đập Suối Tung ở xã Trung lý (Mường Lát), với tổng mức đầu tư 1,6 tỷ đồng, nhưng không có kênh mương nên không sử dụng được. Đập mương Sa Vít ở xã Trung Lý, đập mương bản Ai ở xã Mường Chanh (Mường Lát), tổng mức đầu tư trên 10 tỷ đồng, đầu tư kênh mương bằng ba nguồn vốn khác nhau, mỗi dự án thiết kế một kiểu, xây dựng kênh mương không đồng bộ, nước lưu thông kém, dù nước đầu nguồn nhiều, nhưng dẫn vào đến ruộng rất ít, không hiệu quả…
Từ năm 2010 - 2016, tại các huyện miền núi Thanh Hóa có 95 công trình thủy lợi vừa và nhỏ được xây dựng mới (gồm 1 hồ chứa, 23 đập dâng, 31 trạm bơm, 40 tuyến kênh mương), với tổng số vốn đầu tư 365 tỷ đồng; 303 công trình thủy lợi vừa và nhỏ được sửa chữa, nâng cấp với tổng số nguồn vốn đầu tư 651 tỷ đồng.
