Trong đó 58 trạm có khoảng cách đến trạm liền kề lớn hơn 70km, 10 trạm có khoảng cách 60-70km, 20 trạm có khoảng cách nhỏ hơn 60km.
Sau rà soát, Bộ GTVT đã xác định có 17 trạm thu phí BOT bất cập về vị trí đặt trạm cần có giải pháp xử lý. Cụ thể, 3 trạm thu phí Cầu Rác, Tào Xuyên, Bắc Thăng Long nằm ngoài phạm vi dự án, nhà đầu tư tận dụng lại các trạm thu phí hoàn vốn ngân sách nhà nước chuyển sang thu phí hoàn vốn các dự án BOT, nếu đầu tư mới sẽ phát sinh thêm 30-50 tỷ đồng/trạm.
Có 6 trạm thu phí BOT đặt trên tuyến chính hoàn vốn cho dự án đầu tư nâng cấp tuyến chính và xây dựng tuyến tránh. Hiện 5/6 trạm thu phí này đã giảm giá cho các phương tiện quanh trạm với phạm vi khoảng 10km. Riêng trạm BOT Cai Lậy hiện đang tạm dừng thu phí, trên cơ sở báo cáo của Bộ GTVT, Chính phủ giao bộ chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành, địa phương nghiên cứu, quyết định phương án thu phí dịch vụ sử dụng đường bộ tại trạm Cai Lậy trong thời gian tới.
Quá trình rà soát cũng phát hiện 6 trạm thu phí BOT trên cả tuyến quốc lộ và cao tốc khi đầu tư xây dựng tuyến đường cao tốc và cải tạo quốc lộ song hành thuộc 4 dự án đầu tư xây dựng đường cao tốc Thái Nguyên - Chợ Mới và nâng cấp cải tạo Quốc lộ 3 (1 trạm trên Quốc lộ 3 và 1 trạm trên tuyến cao tốc). Để có giải pháp xử lý phù hợp, trước mắt Bộ GTVT cho phép nhà đầu tư thu phí trên tuyến cao tốc.
Đối với 3 dự án còn lại Quốc lộ 6, cao tốc Bắc Giang - Lạng Sơn và cao tốc Hà Nội - Hải Phòng, theo tính toán nếu bỏ trạm trên các tuyến quốc lộ, phương án tài chính các dự án sẽ không khả thi, Nhà nước phải bố trí ngân sách để bù phần thiếu hụt lên đến khoảng 21.000 tỷ đồng (riêng Quốc lộ 5 khoảng 16.000 tỷ đồng). Trong điều kiện ngân sách nhà nước khó khăn như hiện nay, phương án này không khả thi, kiến nghị tiếp tục thu phí dịch vụ sử dụng đường bộ tại các trạm này.
Về 2 trạm La Sơn - Túy Loan và trạm Nam Hải Vân thu phí hoàn vốn cho dự án hầm Đèo Cả, năm 2016 Thủ tướng đã đồng ý cho phép sử dụng 7 trạm (Bàn Thạch, Ninh An, Đèo Cả, Cù Mông, Nam Hải Vân, Phước Tượng - Phú Gia và La Sơn - Túy Loan), nhưng sau khi rà soát, Bộ GTVT cho biết trạm La Sơn - Túy Loan đặt trên tuyến cao tốc La Sơn - Túy Loan (đầu tư theo hình thức BT) là không phù hợp, vì đầu tư một nơi, thu phí một nơi và thu trên tuyến đường đầu tư theo hình thức BT. Bộ GTVT đang phối hợp với nhà đầu tư tính toán lại hiệu quả tài chính của dự án, sẽ báo cáo Thủ tướng theo hướng không lập trạm La Sơn - Túy Loan, Nhà nước bố trí nguồn vốn để hỗ trợ nếu cần.
Về xử lý bất cập trong việc đặt trạm thu phí BOT Nam Hải Vân, Bộ GTVT đã báo cáo Thủ tướng và đã có quyết định gộp trạm Nam Hải Vân thu chung với trạm Bắc Hải Vân để thu phí hoàn vốn cho 2 dự án hầm Đèo Cả và Dự án hầm Phú Gia - Phước Tượng do cự ly quá gần.
Như vậy, trong 17 trạm thu phí đặt sai vị trí, Bộ GTVT chỉ đề xuất xóa 1 trạm, gộp 1 trạm, còn lại giữ nguyên.
Bên cạnh đó, trong số 56 dự án BOT đã có giá trị thỏa thuận quyết toán, Bộ Giao thông Vận tải (GTVT) và nhà đầu tư đã rà soát, xem xét tính khả khi phương án tài chính dự án để giảm mức thu phí chung, giảm phí đối với các phương tiện xung quanh trạm. Sau rà soát, Bộ GTVT và nhà đầu tư đã tiến hành đàm phán, giảm giá thu phí tại 39 dự án BOT.
Theo Bộ GTVT mức thu phí tại các trạm BOT đều được sự đồng thuận của địa phương, được Bộ Tài chính ban hành thông tư quy định mức thu riêng cho từng trạm. Trong quá trình ban hành thông tư về mức thu phí tại các trạm BOT, Bộ Tài chính đã có chính sách miễn giảm đối với người dân có nhu cầu đi lại qua trạm nhiều lần trong ngày thông qua việc yêu cầu nhà đầu tư phải bán vé quý, vé tháng, miễn thu toàn bộ cho xe mô tô, xe thô sơ… Tuy nhiên, thực tế một bộ phận người dân quanh khu vực trạm sử dụng đoạn đường ngắn vẫn phải trả phí, một số phương tiện trên các tuyến đường ngang đi qua phạm vi trạm phải trả phí dù sử dụng đoạn đường ngắn.
Để xử lý bất cập này, Bộ GTVT đã chỉ đạo nhà đầu tư miễn giảm phí đối với người dân quanh trạm; giảm phí các xe loại 4 (xe tải có tải trọng từ 10 tấn đến dưới 18 tấn, xe chở hàng bằng container 20 fit), loại 5 (xe tải có tải trọng từ 18 tấn trở lên; xe chở hàng bằng container 40 fit); giảm tối đa mức phí sử dụng đường bộ đối với tất cả loại xe nếu phương án tài chính của dự án còn khả thi. Đến thời điểm hiện tại, các trạm BOT đã thực hiện giảm phí đối với xe loại 4 từ mức 140.000 đồng xuống 120.000 đồng, và nhóm 5 từ mức 200.000 đồng xuống 180.000 đồng.
